Duarte supervisó y financió la guerra de independencia llevada a cabo por sus compañeros de lucha, lo que derivó en su ruina económica. Su liderazgo lo convirtió en objeto de acusaciones que lo llevaron a ser expulsado de la recíén creada nación en varias ocasiones. Su visión liberal se vio socavada por las élites conservadoras, que pretendían someter el país a las potencias coloniales y volver al regionalismo tradicional.
Sin embargo, sus ideales democráticos han servido como principios rectores para la mayoría de los gobiernos dominicanos.[cita requerida] Su iniciativa lo convirtió en un mártir político a los ojos de las generaciones posteriores. En 1842, Duarte se convirtió en oficial de la Guardia Nacional, dirigida en aquel tiempo por el gobierno haitiano.
En 1843 participó en la Revolución Reformista contra la dictadura de Jean Pierre Boyer, quien amenazaba con invadir la parte occidental de la isla con intención de unificarla. Tras la derrota del presidente haitiano Charles Herard y la proclamación de la independencia dominicana en 1844, la Junta formada para designar al primer gobernante de la nación eligió por mayoría a Duarte para presidirla pero él declinó la propuesta, tomando el cargo en su lugar Tomás Bobadilla.
Duarte sostuvo fuertes desacuerdos con sectores conservadores, en especial con el terrateniente Pedro Santana, quien consideraba inviables las ideas independentistas de Duarte. De estas pugnas, Santana salió fortalecido mientras que Duarte sufrió varios destierros y murió exiliado en Venezuela en 1876.